Struktur organisasi BPKAD berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2014 yang terdiri dari 5 (lima) unit organisasi eselon III, 15 (lima belas) unit organisasi eselon IV, UPTD dan kelompok jabatan fungsional dengan susunan sebagai berikut : 1. Sekretariat, yang membawahi : a. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian; b. Sub Bagian Keuangan. c. Sub Bagian Program 2. Bidang Anggaran, yang membawahi : a. Subbidang Anggaran Belanja Tidak Langsung dan Pembiayaan; b. Subbidang Anggaran Pendapatan dan Belanja Langsung; c. Subbidang Revisi Anggaran. 3. Bidang Perbendaharaan, yang membawahi : a. Subbidang Pelayanan dan Perbendaharaan; b. Subbidang Pengelolaan Kas Daerah; c. Subbidang Pengelolaan Anggaran SKPKD. 4. Bidang Akuntansi dan Pelaporan Keuangan, yang membawahi : a. Subbidang Akuntansi dan Sistem Informasi; b. Subbidang Evaluasi Pertanggungjawaban Keuangan; c. Subbidang Pelaporan Keuangan; 5. Bidang Pengelolaan Aset, yang membawahi : a. Subbidang Perolehan dan Penghapusan Aset; b. Subbidang Pencatatan dan Pelaporan Aset; c. Subbidang Pendayagunaan dan Pengendalian Aset. 6. Unit Pelaksana Teknis Badan (UPTB). 7. Kelompok Jabatan Fungsional. Khusus untuk UPTB yang merupakan unsur pelaksana teknis Badan yang melaksanakan sebagian tugas badan dengan wilayah kerja satu atau beberapa Kecamatan saat ini belum diisi. Begitu pula halnya dengan Kelompok Jabatan Fungsional yang memiliki tugas pokok melaksanakan sebagian kegiatan Badan secara profesional sesuai dengan bidang keahlian dan kebutuhan teknis Badan, yang saat ini belum diisi. (*)